Fundado devido a uma dissidência no Riachuelo FC, o “Batataes Foot-ball Club” nasceu no dia 18 de setembro de 1919 dos esforços do Cel. Olvídeo Tristão de Lima, considerado o patrono e presidente de honra do clube. O próprio Cel. Tristão doou o terreno para a construção do primeiro campo do clube, onde hoje fica o estádio Dr. Oswaldo Scatena.
O início do clube foi melhor do que esperavam os fundadores. Logo na primeira partida, fora de casa, o atacante Bruno fez o primeiro gol do Batatais e levou a equipe à vitória, sobre a Associação Atlética Olímpica, em Jordanópolis, no dia 25 de outubro de 1919. Quinze dias depois, a vítima foi o Altinópolis, na goleada por 7 a 0.
Na década seguinte o clube ganhou o apelido de “Fantasma da Mogiana”, devido ao temor que provocava nos adversários da região. Entre 1934 e 37, o Batatais disputou mais de cem partidas, sendo derrotado em apenas três oportunidades.
Em 1945, o clube se destacou com a conquista do título de Campeão Paulista do Interior. Porém, na época, só existia profissionalismo na capital. Até que, com a reunião de esforços do Batatais com a Ponte Preta e com o XV de Piracicaba, os clubes do interior puderam disputar o Campeonato Paulista. No ano seguinte foi criada a Lei do Acesso.
Em 1949, o Batatais chegou bem perto do acesso à Primeira Divisão. Porém, a equipe foi derrotada na final por 2 a 1 para o Guarani em jogo disputado na Rua Javari. Insatisfeita com a arbitragem na partida, a diretoria retirou o clube das competições profissionais, retornando somente em 1956.
Entre 1956 e 1967, o clube retomou a profissionalização, contando com grandes atletas que fizeram renascer o “Fantasma da Mogiana” na disputa da competição equivalente à Série A2 do Campeonato Paulista.
A partir de 1968 nova paralisação, mas desta vez por um motivo nobre: a construção do estádio Dr. Oswaldo Scatena. O futebol retornaria três anos mais tarde, agora investindo também nas categorias de base do clube. Desde então o clube não parou mais, chegou perto de conquistar o acesso para o que equivale à Série A1, mas nunca conseguiu. Desde 94 o clube tenta deixar a última divisão do Paulista, tabu este que foi quebrado no dia 25 de outubro de 2008, subindo para série A3 (terceira divisão).